Stéphane Boujnah commence sa carrière en tant qu'avocat d’affaires, spécialisé dans les opérations de fusion-acquisition et de privatisation. De 1997 à 1999, il est conseiller au cabinet du ministre de l’Économie, des Finances et de l'Industrie, Dominique Strauss-Kahn, chargé du développement de l’économie digitale et des grands projets d’investissements étrangers. Après avoir évolué au sein de différentes banques il prend la tête de Euronext en 2015.
Stéphane Boujnah diffuse régulièrement des informations sur les marchés de dette souveraine et des CDS (Credit Default Swaps). Il s’exprime souvent dans les media français et internationaux pour commenter les évolutions de la dette souveraine en Europe et les programmes de consolidation des comptes publics réalisés par les pays frappés par la grande crise financière dans les années 2010.