Martin Roger a débuté sa carrière au ministère des Affaires étrangères en 2001, lorsqu'il a rejoint la Division des accords internationaux. Il a également travaillé à la Mission permanente de l'Estonie auprès des Nations unies à New York, en tant que conseiller au cabinet du président de l'Assemblée générale des Nations unies, en tant que chef adjoint de l'ambassade d'Estonie à Paris, en tant que chef de département au ministère des Affaires économiques et des Communications, et en tant que directeur de la Division pour l'Europe de l'Est et l'Asie centrale au ministère des Affaires étrangères.
Suite à sa mission à l'ambassade de Pologne entre 2018 et 2022, il devient Directeur général du département des relations avec l'OTAN et des relations transatlantiques