Stéphanie Hennette-Vauchez est diplômée de l'Institut d'études politiques de Paris (Sciences Po) et de l'Université 1 Panthéon-Sorbonne.
De 2002 à 2007, elle est professeure à l'Université Paris-Est-Créteil-Val-de-Marne. De 2007 à 2010, elle profite du programme de recherche européen Actions Marie Skłodowska-Curie pour étudier au Centre Robert Schuman de l'Institut universitaire européen de Florence. En 2013, elle est visiting professor à l'Université de Princeton aux États-Unis.
En 2010, elle devient professeure de droit public à l'Université Paris-Nanterre, et dirige la deuxième année du master Droits de l'homme. Depuis 2015, elle est présidente du Centre de recherches et d’études sur les droits fondamentaux (CREDOF) de cette même université.