Diplômé de la Faculté d’économie de l’Université d’État de Moscou en 1974, Sergueï Karaganov est docteur en histoire, chercheur à l’Institut de l’économie mondiale et des relations internationales de l’Académie des sciences de l’URSS, directeur adjoint pendant vingt ans de l’Institut de l’Europe de l’Académie des sciences de l’URSS, puis de l’Académie des sciences de Russie. Il est doyen de la Faculté d’économie et de politique mondiales à l’École des hautes études en sciences économiques (Moscou) depuis 2006.
Il est désigné au milieu des années 1990 par le New York Times comme l’un des 12 principaux spécialistes mondiaux en politique internationale. Dans les années 2000, Foreign Policy et The Prospect le classent parmi les 100 intellectuels les plus influents du monde. Il est régulièrement invité alors des principaux think tanks et médias mondiaux. Il fut membre de la Commission trilatérale et siégea au Council on Foreign Relations.
Il a exercé diverses fonctions au sein de l’appareil d’État russe, notamment auprès du Conseil de politique étrangère du ministère des Affaires étrangères de la Fédération de Russie. De 2001 à 2013, est conseiller au Kremlin pour les Affaires étrangères (officiellement conseiller du directeur adjoint de l’Administration présidentielle de la Fédération de Russie pour les Affaires étrangères). Il fonde en 1992 le Conseil de politique étrangère et de défense dont il devient président, et depuis 2012 président d’honneur, qui regroupe 200 chercheurs, hommes politiques, représentants des affaires et des médias. Il est fondateur et président du comité de rédaction de Rossija v global’noj politike (La Russie dans la politique globale) depuis 2002.