Il a obtenu son doctorat en Government Studies à l’Université de Georgetown en 2000. Il est également titulaire d’un B.A. et M.A. en politique de l'University College Dublin. Auparavant, il a été professeur adjoint à l'Université de Toronto et chargé de recherche à l'Institut Max Planck sur les biens communs à Bonn, en Allemagne. Ses cours portaient notamment sur l'économie politique de l'intégration européenne, la politique d'Internet et l'économie politique comparative de l'Europe à l'Université de Toronto et à l'Université de Georgetown. Henry Farrell est membre de l’American Political Science Association, de la Société Internationale pour la Nouvelle Economie Institutionnelle, de l’International Studies Association et de la European Union Studies Association.