Laurence Fontaine a étudié l'histoire et la sociologie à l'université de Paris I et à l'université de Paris V. Elle effectue son doctorat en histoire à l’université Lyon II. En 1989, elle est recrutée comme chargée de recherche au CNRS. Elle est rattachée au Centre Pierre Léon de l’université Lyon II puis au Centre de recherches historiques de l'EHESS et au Centre Maurice-Halbwachs depuis 2008.
Elle a enseigné au département d’histoire et civilisations de l'Institut universitaire européen de Florence entre 1995 et 2003. Elle a également été membre du comité scientifique des Actes de la recherche en sciences sociales de 1997 à la disparition de Pierre Bourdieu. Elle est un des membres fondateurs, en 1995, de l'organisation internationale pour l'Histoire des Alpes qui édite la revue Histoire des Alpes/storia delle Alpi/Geschichte der Alpen.
Elle a été membre du conseil scientifique et du bureau de l'Istituto Internazionale di storia economica Francesco Datini entre 1993 et 2015. Elle est vice-présidente de la Société d’histoire moderne et contemporaine depuis septembre 2008. En décembre 2017, elle est nommée membre du Conseil national du numérique.
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