{"id":62373,"date":"2020-03-07T04:10:54","date_gmt":"2020-03-07T03:10:54","guid":{"rendered":"https:\/\/legrandcontinent.eu\/fr\/?p=62373"},"modified":"2020-05-07T09:30:21","modified_gmt":"2020-05-07T07:30:21","slug":"bilan-coronavirus","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/legrandcontinent.eu\/fr\/2020\/03\/07\/bilan-coronavirus\/","title":{"rendered":"Bient\u00f4t la phase 3 : un bilan en 10 points sur le Coronavirus\u00a0"},"content":{"rendered":"\n

O\u00f9 en est-on avec le Coronavirus dans le monde ?<\/h2>\n\n\n\n

Bien que l\u2019incertitude persiste quant \u00e0 la date exacte des premi\u00e8res contaminations et diagnostics d\u2019infection, on sait que le premier cluster de cas de pneumonies s\u2019est constitu\u00e9 \u00e0 Wuhan<\/a>, en Chine, en lien avec le march\u00e9 de Huanan. Depuis, plus de 100 000 cas ont \u00e9t\u00e9 confirm\u00e9s dans le monde \u00e0 ce jour (80 650 en Chine et 20 000 hors de Chine), causant plus de 3400 d\u00e9c\u00e8s (dont 3070 en Chine). En France, plus de 653 cas ont \u00e9t\u00e9 confirm\u00e9s, causant 10 d\u00e9c\u00e8s. D\u2019un point de vue g\u00e9ographique, 73 pays sur 5 continents ont signal\u00e9 au moins un cas, et en France 12 r\u00e9gions ont au moins 1 cas confirm\u00e9. Le taux de mortalit\u00e9 est estim\u00e9 au 3 mars 2020 \u00e0 3,4  % au niveau global et \u00e0 1,6  % hors de Chine <\/span>1<\/sup><\/a><\/span><\/span>. Cette variabilit\u00e9 s\u2019explique notamment par les performances des divers syst\u00e8mes de sant\u00e9. En outre, il ne s\u2019agit pas d\u2019un ph\u00e9nom\u00e8ne isol\u00e9 et propre au coronavirus \u2013 on l\u2019observe pour de nombreuses autres maladies infectieuses, comme la tuberculose et la rougeole. <\/p>\n\n\n\n

\n \n \t\r\n\t\t\t\t\t\r\n\t\t\t\t\t\r\n\t\t\t\t\t\r\n\t\t\t\t\"Carte\r\n\t<\/picture>\r\n \n <\/a>\n<\/figure>\n\n\n\n\n

\u00c0 ce stade de l\u2019\u00e9pid\u00e9mie, en mettant de c\u00f4t\u00e9 la Chine, cette cartographie n\u2019est pas tant celle de la progression de l\u2019\u00e9pid\u00e9mie que celle de la performance des diff\u00e9rents syst\u00e8mes de sant\u00e9 et de la transparence des autorit\u00e9s locales. En effet pour d\u00e9couvrir des cas de coronavirus, il faut d\u2019abord vouloir les chercher, et donner au personnel de sant\u00e9 des mesures allant dans ce sens. Mais il faut aussi pouvoir disposer des moyens de r\u00e9aliser ce diagnostic \u00ab biologique \u00bb. <\/p>\n\n\n\n

Face \u00e0 l\u2019absence de signes ou de sympt\u00f4mes sp\u00e9cifiques au Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2<\/em> (SARS-CoV-2), le diagnostic positif ne peut se baser simplement sur la clinique. On peut le suspecter ou l\u2019exclure avec plus ou moins de confiance en se basant sur la combinaison d\u2019un ensemble de sympt\u00f4mes et un contexte \u00e9vocateur. Toutefois,  le diagnostic de certitude requiert une preuve \u00ab biologique \u00bb d\u2019infection au Covid-19. Cela repose sur le fait de d\u00e9tecter le g\u00e9nome ARN appartenant pr\u00e9cis\u00e9ment au virus au sein de pr\u00e9l\u00e8vements effectu\u00e9s sur le patient. Cette d\u00e9tection peut se faire de diverses mani\u00e8res  ; celle faisant la quasi-unanimit\u00e9 actuellement \u00e9tant via la m\u00e9thode de \u00ab RT PCR \u00bb (Reverse Transcription Polymerase Chain Reaction<\/em>) qui permet \u00ab d\u2019amplifier \u00bb la quantit\u00e9 d\u2019une s\u00e9quence pr\u00e9cise ARN d\u00e9limit\u00e9e \u00e0 partir de deux s\u00e9quences dites \u00ab amorces \u00bb. <\/p>\n\n\n\n

Pour d\u00e9couvrir des cas de coronavirus, il faut d\u2019abord vouloir les chercher, et donner au personnel de sant\u00e9 des moyens allant dans ce sens.<\/p>Xavier Olessa-Daragon et Fiene Marie Kuijper<\/cite><\/blockquote><\/figure>\n\n\n\n

En utilisant des amorces sp\u00e9cifiques d\u2019une portion relativement conserv\u00e9e du g\u00e9nome du virus comme sondes, on peut observer si les g\u00e8nes en question sont pr\u00e9sents ou non dans l\u2019\u00e9chantillon pr\u00e9lev\u00e9 et ainsi \u00e9valuer la pr\u00e9sence ou non du virus et si oui dans quelle quantit\u00e9. On pourra ensuite \u00e9ventuellement s\u00e9quencer l\u2019int\u00e9gralit\u00e9 du g\u00e9nome afin d\u2019obtenir plus d\u2019informations. Nul besoin d\u2019\u00eatre agr\u00e9g\u00e9 de biochimie pour \u00eatre capable de r\u00e9aliser tout cela, mais cette op\u00e9ration n\u00e9cessite tout de m\u00eame un \u00e9quipement de haute technologie et surtout du personnel m\u00e9dical et de recherche qualifi\u00e9<\/a> et familier de ces \u00e9quipements et de ces techniques. Surtout, diagnostiquer suppose de disposer de tous ces \u00e9l\u00e9ments en nombre suffisant. Dans une \u00e9pid\u00e9mie, on va tester beaucoup de cas suspects et cela va n\u00e9cessiter des moyens consid\u00e9rables. Le fait que la France, avec un \u00e9cosyst\u00e8me hospitalo-universitaire \u00e0 la pointe de la technologie, ait eu besoin de faire un effort particulier et cibl\u00e9 pour augmenter ses moyens de diagnostic biologique, illustre en creux \u00e0 quel point certains pays sont d\u00e9sarm\u00e9s face \u00e0 cette probl\u00e9matique.<\/p>\n\n\n\n

On entend parfois parler du r\u00f4le de la chaleur pour expliquer l\u2019absence de cas en Afrique, voire en Am\u00e9rique du Sud. Or m\u00eame si une sensibilit\u00e9 thermique accrue du virus n\u2019est pas \u00e0 exclure, il est impensable que le nombre de cas avoisine r\u00e9ellement z\u00e9ro en Afrique subsaharienne et en Am\u00e9rique du Sud. <\/p>\n\n\n\n

\n \n \t\r\n\t\t\t\t\t\r\n\t\t\t\t\t\r\n\t\t\t\t\t\r\n\t\t\t\t\"OCDE\r\n\t<\/picture>\r\n \n
L’OCDE revoit \u00e0 la baisse ses pr\u00e9visions de croissance<\/figcaption>\n <\/a>\n<\/figure>\n\n\n\n\n

Le virus trouve le moyen de signaler sa pr\u00e9sence dans certains pays malgr\u00e9 le b\u00e2illon et l\u2019aveuglement des autorit\u00e9s. Ainsi, l\u2019\u00c9gypte ne d\u00e9clare officiellement que deux cas confirm\u00e9s, alors qu\u2019en France, au moins une dizaine de personne auraient \u00e9t\u00e9 contamin\u00e9es \u00e0 l\u2019occasion d\u2019un voyage en \u00c9gypte. <\/p>\n\n\n\n

Le fait que la France, avec un \u00e9cosyst\u00e8me hospitalo-universitaire \u00e0 la pointe de la technologie, ait eu besoin de faire un effort particulier et cibl\u00e9 pour augmenter ses moyens de diagnostic biologique, illustre en creux \u00e0 quel point certains pays sont d\u00e9sarm\u00e9s face \u00e0 cette probl\u00e9matique.<\/p>Xavier Olessa-Daragon et Fiene Marie Kuijper<\/cite><\/blockquote><\/figure>\n\n\n\n

Le nombre \u00e9lev\u00e9 de cas de coronavirus rapport\u00e9 en Italie<\/a> et en France s\u2019explique donc par un recours important aux mesures de d\u00e9pistage.<\/p>\n\n\n\n

A-t-on compris pour qui et jusqu\u2019\u00e0 quel point le COVID-19 est dangereux ?<\/h2>\n\n\n\n

Dans le cas du Covid-19, le vrai prisme d\u2019\u00e9valuation du danger est surtout l\u2019\u00e2ge et l\u2019existence de comorbidit\u00e9s, c\u2019est-\u00e0-dire les pathologies pr\u00e9existantes associ\u00e9es. Le prisme de l\u2019\u00e2ge est d\u2019ailleurs particuli\u00e8rement int\u00e9ressant puisque, comme par une sorte d\u2019effet miroir des anxi\u00e9t\u00e9s li\u00e9es au monde du travail<\/a> et au climat<\/a>, la jeune g\u00e9n\u00e9ration se sent relativement peu concern\u00e9e et per\u00e7oit relativement peu ce virus comme un danger mortel. Le virus serait surtout dangereux et mortel pour des personnes \u00e2g\u00e9es, immunod\u00e9prim\u00e9es, ou souffrant de diverses pathologies chroniques. Cette perception est relativement fond\u00e9e. C\u2019est pourquoi la protection de ces personnes particuli\u00e8rement vuln\u00e9rables au virus est d\u00e9sormais au c\u0153ur de la strat\u00e9gie globale d\u2019adaptation \u00e0 la situation. <\/p>\n\n\n\n

Les enfants, quant \u00e0 eux, restent symboliquement fragiles aux yeux de la soci\u00e9t\u00e9 mais dans le contexte de cette \u00e9pid\u00e9mie, ils sont sanitairement plut\u00f4t plus solides que le reste de la population. On constate \u00e0 ce titre une presque absence totale de cas p\u00e9diatriques, m\u00eame s\u2019il y en a d\u00e9sormais 1 en France. Toutefois, cette r\u00e9sistance au virus fait d\u2019eux de potentiels parfaits porteurs sains, se transmettant ais\u00e9ment le virus les uns aux autres avant de le transmettre \u00e9galement \u00e0 leurs parents et leurs enseignants.<\/p>\n\n\n\n

\n \n \t\r\n\t\t\t\t\t\r\n\t\t\t\t\t\r\n\t\t\t\t\t\r\n\t\t\t\t\"Covid-19\r\n\t<\/picture>\r\n \n <\/a>\n<\/figure>\n\n\n\n\n

Concernant les \u00ab  propri\u00e9t\u00e9s pathog\u00e9niques  \u00bb du Covid-19, l\u2019incubation est autour de 5-6 jours, 80  % des formes sont b\u00e9nignes, 15  % des cas sont s\u00e9v\u00e8res, et 5  % des cas sont graves, donnant lieu au niveau global \u00e0 un certain nombre de passages en r\u00e9animation. On peut ici encore noter un \u00e9l\u00e9ment permettant de r\u00e9interpr\u00e9ter les diff\u00e9rences de mortalit\u00e9 observ\u00e9es  : les capacit\u00e9s, autant qualitatives que quantitatives des services de r\u00e9animation des divers h\u00f4pitaux mondiaux, ne se valant malheureusement pas. <\/p>\n\n\n\n

Concernant les \u00ab  propri\u00e9t\u00e9s pathog\u00e9niques  \u00bb du covid-19, l\u2019incubation est autour de 5-6 jours, 80  % des formes sont b\u00e9nignes, 15  % des cas sont s\u00e9v\u00e8res, et 5  % des cas sont graves.<\/p>Xavier Olessa-Daragon et Fiene Marie Kuijper<\/cite><\/blockquote><\/figure>\n\n\n\n

Les mesures dites de \u00ab  quatorzaine  \u00bb s\u2019appuient sur le fait relativement consensuel qu\u2019apr\u00e8s 14 jours d\u2019infection par le virus, on n\u2019est plus contagieux si l\u2019on n\u2019a pas d\u00e9clar\u00e9 de sympt\u00f4mes, et sur l\u2019id\u00e9e que l\u2019on a parfois pu voir circuler que des personnes en contaminant d\u2019autres seraient toujours infectieuses apr\u00e8s 21 ou 28 jours d\u2019incubation du virus. Cependant cette croyance ne s\u2019appuie que sur extr\u00eamement peu d\u2019\u00e9l\u00e9ments et de litt\u00e9rature scientifique. Si, \u00e0 ce stade, on ne peut exclure que cela se produise, il s\u2019agirait d\u2019une exception particuli\u00e8rement rare. Les gu\u00e9risons de personnes dans un \u00e9tat s\u00e9v\u00e8re ou grave prenant environ 3 \u00e0 6 semaines.<\/p>\n\n\n\n

Bien plus que dans son taux de mortalit\u00e9 \u2013 relativement faible \u2013 la gravit\u00e9 du Covid-19 r\u00e9side dans sa rapidit\u00e9 d\u2019extension. La majorit\u00e9 des personnes infect\u00e9es d\u00e9veloppent des formes b\u00e9nignes et difficilement d\u00e9tectables de la maladie, elles ne sont pas isol\u00e9es et sont ainsi susceptibles de transmettre le virus. De plus, par le poids qu\u2019il fait peser sur le syst\u00e8me de sant\u00e9, le Covid-19 est responsable d\u2019une mortalit\u00e9 indirecte par incapacit\u00e9 \u00e0 traiter toutes les autres pathologies.<\/p>\n\n\n\n

La transmission interhumaine se fait quant \u00e0 elle via des gouttelettes, le virus \u00e9tant contrairement, \u00e0 la variole, incapable de survivre \u00e0 l\u2019air libre ou de se propager dans l\u2019air. On peut \u00e0 ce titre comprendre la volont\u00e9 particuli\u00e8re d\u2019annuler le semi-marathon de Paris et les craintes moins grandes concernant les mus\u00e9es. <\/p>\n\n\n\n

Bien plus que dans son taux de mortalit\u00e9 \u2013 relativement faible \u2013 la gravit\u00e9 du Covid-19 r\u00e9side dans sa rapidit\u00e9 d\u2019extension.<\/p>Xavier Olessa-Daragon et Fiene Marie Kuijper<\/cite><\/blockquote><\/figure>\n\n\n\n

Le taux de reproduction, le fameux \u00ab R0 \u00bb, est quant \u00e0 lui autour de 2 ou 3 et va parfois jusqu\u2019\u00e0 4 selon les mod\u00e9lisations, ce qui signifie que chaque personne infect\u00e9e va en moyenne en infecter au moins 2. \u00c0 titre de comparaison, celui de la grippe est autour de 1,4. Ce R0 serait au moins en partie d\u00fb \u00e0 la longueur de la phase asymptomatique. Ainsi lorsqu\u2019une personne infect\u00e9e d\u00e9clare ses sympt\u00f4mes, elle produit d\u00e9j\u00e0 du virus depuis un certain temps au cours duquel elle a d\u00e9j\u00e0 pu infecter d\u2019autres personnes. Il se transmet par \u00ab contacts \u00e9troits \u00bb, ce qui signifie concr\u00e8tement passer plus de 15 min \u00e0 moins d\u20191 m\u00e8tre de quelqu\u2019un. Les mesures les plus instinctives telles que le fait de reculer lorsque l\u2019on discute avec quelqu\u2019un s\u2019av\u00e8rent ainsi particuli\u00e8rement efficaces.<\/p>\n\n\n\n

Qu\u2019est-ce qu\u2019un \u00ab super spreader<\/em> \u00bb ?<\/h2>\n\n\n\n

Lorsque l\u2019on pense \u00e9pid\u00e9mie, on pense souvent \u00e0 ces heureux \u00e9lus de la loterie immunitaire et g\u00e9n\u00e9tique qui sont naturellement insensibles au pathog\u00e8ne. \u00c0 l\u2019inverse, on a \u00e9galement facilement en t\u00eate l\u2019exception oppos\u00e9e  : ceux qui y seront particuli\u00e8rement vuln\u00e9rables. Entre les deux se situe une exception d\u2019un autre type, beaucoup moins connue mais essentielle dans l\u2019appr\u00e9hension de l\u2019\u00e9volution des \u00e9pid\u00e9mies et pand\u00e9mies : les \u00ab super spreaders <\/em> \u00bb. <\/p>\n\n\n\n

Il s\u2019agit de personnes au sein desquelles le virus se d\u00e9veloppera de mani\u00e8re particuli\u00e8rement efficace, mais dont le syst\u00e8me immunitaire permettra une tol\u00e9rance de cette immense quantit\u00e9 de virus retardant l\u2019apparition de sympt\u00f4mes et leur permettant de contaminer de mani\u00e8re extr\u00eamement abondante. Il en existe au moins un en France, dont la charge virale en Covid-19 serait la plus \u00e9lev\u00e9e au monde et ayant contamin\u00e9 plus d\u2019une dizaine de personnes, ce chiffre \u00e9tant \u00e0 mettre en perspective des 2 ou 3 personnes en moyenne contamin\u00e9es par une personne infect\u00e9e. <\/p>\n\n\n\n

La capacit\u00e9 d\u2019infection de ces super spreaders<\/em> leur permet dans certains cas d\u2019aller jusqu\u2019\u00e0 contaminer quelqu\u2019un \u00e0 travers un hygiaphone. Il existait plusieurs super spreaders<\/em> lors de l\u2019\u00e9pid\u00e9mie de SRAS et le fait de les d\u00e9tecter et prendre en charge le plus rapidement possible est essentiel \u00e0 la ma\u00eetrise de l\u2019\u00e9pid\u00e9mie car ils sont en mesure d\u2019influencer significativement \u00e0 eux seuls l\u2019\u00e9volution de la situation.<\/p>\n\n\n\n

O\u00f9 en est-on avec le Coronavirus en France ?<\/h2>\n\n\n\n

En France nous en sommes actuellement au stade 2 du plan de lutte contre la propagation du virus, avec une arriv\u00e9e potentiellement imminente du stade 3.<\/p>\n\n\n\n

Le stade 1 correspond \u00e0 une volont\u00e9 d\u2019emp\u00eacher ou de retarder l\u2019arriv\u00e9e du virus sur le territoire national et se caract\u00e9rise par des mesures dites de \u00ab  quatorzaine  \u00bb concernant les personnes venant de pays ou circule le virus (d\u2019abord la Chine, puis \u00e9galement la Cor\u00e9e du Sud, puis la Lombardie la V\u00e9n\u00e9tie et l\u2019Emilie Romagne, et enfin l\u2019Iran).<\/p>\n\n\n\n

Le stade 2 correspond \u00e0 une volont\u00e9 de retarder la propagation du virus sur le territoire, et se caract\u00e9rise tout d\u2019abord et ce de mani\u00e8re assez contre intuitive par une lev\u00e9e des mesures de quatorzaine mises en place en phase 1. Apr\u00e8s cela vient une d\u00e9finition de \u00ab clusters \u00bb, c\u2019est-\u00e0-dire de zones ou circule activement le virus sur le territoire, puis des mesures d\u2019\u00e9loignement des personnes venant soit de ces zones, soit de la province du Hubei en Chine, foyer initial de diffusion du virus. <\/p>\n\n\n\n

Enfin une transition du syst\u00e8me de sant\u00e9 commence \u00e0 s\u2019op\u00e9rer en milieu et fin de phase 2 vers un traitement en ambulatoire des personnes infect\u00e9es pr\u00e9sentant peu ou pas de sympt\u00f4mes, et un recentrage des moyens vers les cas les plus graves mais aussi vers toutes les autres pathologies ne relevant pas du coronavirus que le syst\u00e8me de sant\u00e9 doit pouvoir continuer de traiter. L\u2019enjeu du fait de retarder la propagation de l\u2019\u00e9pid\u00e9mie est particuli\u00e8rement fort, et ce pour plusieurs raisons. Tout d\u2019abord parce que chaque jour qui passe nous \u00e9loigne du pic de grippe, et soulage ainsi nos syst\u00e8mes de sant\u00e9. On peut \u00e0 ce titre noter que la majorit\u00e9 des personnes actuellement en r\u00e9animation \u00e0 cause d\u2019infections pulmonaires s\u00e9v\u00e8res le sont pour des cas s\u00e9v\u00e8res de grippe. Ensuite parce que chaque jour qui passe le syst\u00e8me de sant\u00e9 est plus pr\u00eat, qu’on conna\u00eet mieux le virus, et qu’on est mieux en mesure de cibler et de prendre en mesure les publics les plus \u00e0 risque.<\/p>\n\n\n\n

Enfin le stade 3 correspond \u00e0 la phase \u00e9pid\u00e9mique et a vocation \u00e0 g\u00e9rer cette \u00e9pid\u00e9mie. Cette phase s\u2019articule autour de trois axes :<\/p>\n\n\n\n