{"id":59126,"date":"2020-02-06T17:09:27","date_gmt":"2020-02-06T16:09:27","guid":{"rendered":"https:\/\/legrandcontinent.eu\/fr\/?p=59126"},"modified":"2020-03-19T10:49:47","modified_gmt":"2020-03-19T09:49:47","slug":"une-lecon-du-coronavirus","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/legrandcontinent.eu\/fr\/2020\/02\/06\/une-lecon-du-coronavirus\/","title":{"rendered":"Une le\u00e7on du Coronavirus"},"content":{"rendered":"\n<p><em>Paris.<\/em> L\u2019annonce a \u00e9t\u00e9 rapidement relay\u00e9e dans la communaut\u00e9 scientifique europ\u00e9enne, lorsque l\u2019Institut Pasteur a annonc\u00e9 avoir compl\u00e8tement s\u00e9quenc\u00e9 les \u00e9chantillons du Coronavirus (nCoV2019) le 29 janvier 2020&nbsp;<span class='whitespace-nowrap'><span id='easy-footnote-1-59126' class='easy-footnote-margin-adjust'><\/span><span class='easy-footnote'><a href='https:\/\/legrandcontinent.eu\/fr\/2020\/02\/06\/une-lecon-du-coronavirus\/#easy-footnote-bottom-1-59126' title='&lt;a href=&quot;https:\/\/www.pasteur.fr\/fr\/espace-presse\/documents-presse\/institut-pasteur-sequence-genome-complet-du-coronavirus-wuhan-2019-ncov&quot;&gt;L&amp;rsquo;Institut Pasteur s\u00e9quence le g\u00e9nome complet du coronavirus de Wuhan, 2019-nCov, &lt;\/a&gt;Communiqu\u00e9 de Presse, 30 janvier 2020'><sup>1<\/sup><\/a><\/span><\/span>. Tout comme pour les premi\u00e8res s\u00e9quences du virus, rel\u00e2ch\u00e9es d\u00e8s le d\u00e9but de l\u2019\u00e9pid\u00e9mie par des \u00e9quipes chinoises, les s\u00e9quences, ainsi que d\u2019autres informations sur les patients touch\u00e9s, ont \u00e9t\u00e9 publiquement mises en ligne et donc mis \u00e0 la disposition libre de tous les chercheurs.&nbsp;<span class='whitespace-nowrap'><span id='easy-footnote-2-59126' class='easy-footnote-margin-adjust'><\/span><span class='easy-footnote'><a href='https:\/\/legrandcontinent.eu\/fr\/2020\/02\/06\/une-lecon-du-coronavirus\/#easy-footnote-bottom-2-59126' title='Page de Github sur le 2019-nCov&lt;\/a&gt;'><sup>2<\/sup><\/a><\/span><\/span><\/p>\n\n\n\n<p>D\u2019un point de vue pratique, la traque du virus et le recueil des connaissances a rarement \u00e9t\u00e9 aussi ouverte. Plusieurs \u00e9diteurs ont ainsi annonc\u00e9 la mise \u00e0 disposition gratuite des articles en lien avec l\u2019\u00e9pid\u00e9mie et ont acc\u00e9l\u00e9r\u00e9 le processus de relecture des articles. Cependant, au del\u00e0 de ce geste, c\u2019est l\u2019emploi massif des portails biorXiv et medRxive, qui sont des entrep\u00f4ts de pre-prints permettant le libre acc\u00e8s \u00e0 des articles n\u2019ayant pas encore pass\u00e9 la barri\u00e8re de la revue par les pairs, et de Twitter qui fait office de lieu de <em>peer-review.<\/em> C\u2019est ainsi toute la cha\u00eene du contr\u00f4le scientifique (divulgation des donn\u00e9es, pr\u00e9sentation des analyses et revue par les pairs) qui a \u00e9t\u00e9 en partie fait \u00e0 la vue de tous. Et cela paie&#160;: la production scientifique autour du Coronavirus a connu un d\u00e9veloppement sans pr\u00e9c\u00e9dent et la divulgation des r\u00e9sultats et des donn\u00e9es a probablement permis \u00e0 de tr\u00e8s nombreuses \u00e9quipes de recherche de rapidement corriger leurs erreurs et d\u2019acc\u00e9l\u00e9rer la production des connaissances&nbsp;<span class='whitespace-nowrap'><span id='easy-footnote-3-59126' class='easy-footnote-margin-adjust'><\/span><span class='easy-footnote'><a href='https:\/\/legrandcontinent.eu\/fr\/2020\/02\/06\/une-lecon-du-coronavirus\/#easy-footnote-bottom-3-59126' title='ROGERS Adam, &lt;a href=&quot;https:\/\/www.wired.com\/story\/coronavirus-research-preprint-servers\/&quot;&gt;Coronavirus Research Is Moving at Top Speed\u2014With a Catch&lt;\/a&gt;, Wired, 31 janvier 2020'><sup>3<\/sup><\/a><\/span><\/span> .<\/p>\n\n\n\n\n\n<figure class=\"wp-block-image wp-block-image-medium\"\n    data-shadow=\"false\"\n    data-use-original-file=\"false\">\n    <a\n        data-pswp-src=\"https:\/\/legrandcontinent.eu\/fr\/wp-content\/uploads\/sites\/2\/2020\/02\/pasted-image-0.png\"\n        class=\"inline-block gallery-item no-underline \"\n        data-pswp-width=\"600\"\n        data-pswp-height=\"553\">\n                                        <picture>\r\n                    <source\r\n                srcset=\"https:\/\/legrandcontinent.eu\/fr\/wp-content\/uploads\/sites\/2\/2020\/02\/pasted-image-0-330x304.png\"\r\n                media=\"(max-width:  374px)\" \/>\r\n                    <source\r\n                srcset=\"https:\/\/legrandcontinent.eu\/fr\/wp-content\/uploads\/sites\/2\/2020\/02\/pasted-image-0.png\"\r\n                media=\"(max-width:  989px)\" \/>\r\n                    <source\r\n                srcset=\"https:\/\/legrandcontinent.eu\/fr\/wp-content\/uploads\/sites\/2\/2020\/02\/pasted-image-0.png\"\r\n                media=\"(max-width: 1319px)\" \/>\r\n                    <source\r\n                srcset=\"https:\/\/legrandcontinent.eu\/fr\/wp-content\/uploads\/sites\/2\/2020\/02\/pasted-image-0.png\"\r\n                media=\"(max-width: 1599px)\" \/>\r\n                    <source\r\n                srcset=\"https:\/\/legrandcontinent.eu\/fr\/wp-content\/uploads\/sites\/2\/2020\/02\/pasted-image-0.png\"\r\n                media=\"(min-width: 1600px)\" \/>\r\n                <img decoding=\"async\" alt=\"Coronavirus research, recherche sur le Coronavirus Janvier 2020\" src=\"https:\/\/legrandcontinent.eu\/fr\/wp-content\/uploads\/sites\/2\/2020\/02\/pasted-image-0-125x115.png\" \/>\r\n        <\/picture>\r\n                            \n                    <figcaption class=\"pswp-caption-content \">Image tir\u00e9e de Nature. Nombre d\u2019articles d\u00e9pos\u00e9s dans des journaux \u00e0 comit\u00e9 de lecture et sur les r\u00e9pertoires en ligne bioRxiv, medRxiv and chemRxiv.<\/figcaption>\n            <\/a>\n<\/figure>\n\n\n<p>Il convient de placer cette \u00e9volution en contraste avec le processus plus classique d\u2019\u00e9valuation de la recherche, consistant \u00e0 soumettre un article \u00e0 un \u00e9diteur, qui va le transmettre \u00e0 des relecteurs. Ces derniers \u00e9valuent la pertinence du travail ainsi que sa qualit\u00e9 scientifique et acceptent ou non la publication. Ce syst\u00e8me est actuellement tr\u00e8s critiqu\u00e9 pour des nombreuses raisons que nous ne d\u00e9velopperons pas ici. Cependant dans le cas de l\u2019\u00e9pid\u00e9mie que nous connaissons actuellement, le probl\u00e8me central sont les d\u00e9lais li\u00e9s au nombreux allers-retours entre auteurs, \u00e9diteurs et relecteurs, ainsi que le partage des donn\u00e9es brutes et du code ayant permis l\u2019obtention des r\u00e9sultats, rendant la r\u00e9plication des analyses plus contraignante. <\/p>\n\n\n\n<p>Les communaut\u00e9s m\u00e9dicale et scientifique ne sont que deux de plus \u00e0 s\u2019ouvrir au public et rendre plus transparents leurs travaux. A titre d\u2019exemple, on peut par exemple citer tout l\u2019\u00e9cosyst\u00e8me de lutte contre les djihadistes orchestr\u00e9 par la Katiba des Nervalos, ou encore <a href=\"https:\/\/www.bellingcat.com\/\">Bellingcat<\/a> et la communaut\u00e9 d\u2019anonymes et de professionnels effectuant du journalisme d\u2019investigation en ligne. M\u00eame les \u00c9tats ressentent une certaine pression \u00e0 ouvrir l\u2019acc\u00e8s aux donn\u00e9es avec le mouvement Open Data, ou y voient une mani\u00e8re de susciter l\u2019innovation et cr\u00e9er de nouvelles applications \u00e0 partir de bases de donn\u00e9es d\u00e9j\u00e0 existantes. L\u2019\u00e9mulation r\u00e9sultant de l\u2019ouverture des sources et des m\u00e9thodes de travail est efficace au court terme, mais a aussi \u00e9t\u00e9 d\u00e9montr\u00e9 dans le long terme, en particulier par l\u2019ouverture du code source des logiciels. En effet, comme le montre Frank Nagel&nbsp;<span class='whitespace-nowrap'><span id='easy-footnote-4-59126' class='easy-footnote-margin-adjust'><\/span><span class='easy-footnote'><a href='https:\/\/legrandcontinent.eu\/fr\/2020\/02\/06\/une-lecon-du-coronavirus\/#easy-footnote-bottom-4-59126' title='NAGLE Frank, &lt;a href=&quot;https:\/\/pubsonline.informs.org\/doi\/10.1287\/mnsc.2017.2977&quot;&gt;Open Source Software and Firm Productivity,&lt;\/a&gt; Management Science, Volume 65, issue 3, mars 2019'><sup>4<\/sup><\/a><\/span><\/span>, cela a des cons\u00e9quences tr\u00e8s pratiques comme une mont\u00e9e en gamme du code \u00e9crit (puisque l\u2019on peut \u00e9tudier en temps r\u00e9el les meilleures pratiques sur des plateformes telles que GitHub) et donc des gains de productivit\u00e9 significatifs dans les \u00e9cosyst\u00e8mes pratiquant commun\u00e9ment l\u2019open source .<\/p>\n\n\n\n<p>Cette ouverture de la science refl\u00e8te aussi en partie la d\u00e9mocratisation des outils de d\u00e9veloppement ouverts. D\u2019une part les r\u00e9seaux sociaux, d\u2019autre part les outils d\u2019archivage d\u2019articles et de codes ouverts des articles tels BioRxiv et GitHub. C\u2019est donc l\u2019existence de ces supports en conjonction avec la crise exceptionnelle du Coronavirus qui a permis \u00e0 ces nouveaux usages de se d\u00e9velopper. Reste maintenant \u00e0 savoir si les pratiques vont perdurer. <\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>La crise sanitaire du Coronavirus a fait \u00e9merger une tendance de fond, une modification du travail de recherche, r\u00e9sultant en une plus grande ouverture des donn\u00e9es et des travaux, ainsi qu\u2019\u00e0 une r\u00e9activit\u00e9 in\u00e9gal\u00e9e. nCov-2019 sera-t-il la bascule vers une banalisation de la science 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